土木工程与建筑虚拟仿真实验教学中心按“一办四部多个实验室”的结构组织管理。设有五个职能部门，分别是中心办公室、教学运行部、合作交流部、信息管理部和设备后勤部。虚拟仿真实验教学中心下设7个实验室，分别为学科基础实验室、BIM技术实验室、工程结构与数字化模拟实验室、施工与管理实验室、运行与维护实验室（在建）、绿色建筑实验室和虚拟现实实验室。中心组织结构图如图所示。

中心设主任1人，副主任1人，办公室主任1人，部主任4人，按以下管理体制运行：

（1）中心建制为校级单位。成立由教务处和相关院系主管教学领导组成的中心管理委员会，中心建设由学校教务处、实验设备处负责，实验教学管理由学校教务处、实验设备处和学院负责。中心教学任务由教务处下达、检查。

（2）中心设立实验教学指导委员会，教学委员会广泛吸收研究领域与中心实验教学内容相关的众多教授、博士等组成，是中心的学术决策核心，负责中心的建设和规划。

（3）中心的管理模式为主任负责制下的实验室管理人员负责制。实验室管理人员向中心主任负责，中心主任向学校负责。中心下设中心办公室。中心办公室人员由土木工程与建筑学部的实验教学和实验管理人员组成。

（4）中心建设和科学研究实行教授领衔制，实验课教学实行主讲教师责任制。实行全员聘任制，领衔教授队伍、专职教学队伍每三年评聘一次；专职管理队伍每五年评聘一次。

（5）中心在建设资金、建设规划、人员聘用、仪器设备、实验设施、教学安排方面实行了统一管理，实现资源的有效共享和人员的合理流动。学校对中心的维护经费以专项的形式予以拨付，专款专用。

（6）中心实行对校内外开放式管理，建立健全的实验室开放管理制度，实现社会资源共享。对外开放机制：中心计划内教学任务应服从总体教学计划安排。在完成教学任务的前提下，积极向学生、教师和社会开放。社会开放服务收入作为运行经费补助。中心应创造条件，主动吸引学生参与实验中心工作。